Die Algen (= winzige Pflanzen) sind in mehreren Aspekten die wechselreichsten Lebewesen der Pflanzenwelt. Sie können einzellig, mehrzellig aber auch vielzellig sein. Die mit dem einfachsten Aufbau sind die Bakterien (im alten Name: Blaualgen). Die Armleuchteralgen (=Charophyceae), die der kompliziertesten Aufbau haben, ähnelt nach äußeren Gestalt der höheren Seegrassen. Nach Farbmittel, Zellenaufbau, Wachstum, Flagellaten, biokemische Zusammensetzung der Zellen wurden sie in 11 Klasse eingereiht. Sie sind fast überall zu finden, aber den größten Formreichtum zeigen sie im Gewässer (Stand- und Fliessgewässer). Ihre Mehrzahl ernährt mit Photosynthese, so haben sie eine bedeutende Rolle bei der Produktion des organisches Stoffes unseren Gewässern und bei der Sauerstoffverpflegung des Wassers.
Die Algenflora der offenen Wasserfläche des Neusiedler Sees - mit Fachwort: Fitoplankton – hat eine wechselreiche Artenzusammensetzung. Bisherig wurden fast 300 Taxa (=Art+Abart+Form) aus dem ungarischen Teil des Sees publiziert. Im Massenhaft hat sich kein Art von den Organismen, die als 2 µm größer sind, vernehrt. Es gibt eine andere Situation mit der als 2 µm kleineren Organismen (Cianobakterien) mit der so genannten Pikoplankton. Die wuchernreiche Erscheinung, das Überwachstum dieser winzigen Lebewesen, können gelbbraunliche oder gelbgrünliche Wasserfarbung verursacht, die mit freien Augen gut sichtbar ist. Im 2007 könnte man es in der Bucht Fertőrákos erfahren.
Die Konzentration der Mineralstoffe des Salzwassers des Neusiedler Sees, die über dem Durchschnitt (1000-2000 mg/l) ist, wird durch die regelmäßige Erscheinung einigen salztorelanten Kiesalgen gut bezeichnet. Die charakteristische, salztorelante Kieselalgen des Neusiedler Sees sind die Folgenden: Bacillaria paradoxa, Chaetoceros muelleri, Campylodiscus clypeus, Emtomoneis alata, Surirella peisonis.
Das zeitweise massenhafte Vorkommen der Pikoalgen, die in den letzten Experimenten ausgezeigt wurden, ist heutzutage schon auch der wichtige, biologische Charakter des Sees.